(Последняя фантазия: Духи внутри) Год 2065 и планета Земля находится далеко от того места, где она была в прошлом. Смертоносные инопланетные существа, известные как Фантомы, появились по всей планете и простой контакт с ними смертелен. Чтобы попытаться спасти то немногое, что осталось от человеческой расы, вокруг некоторых городов были построены большие силовые барьеры, чтобы противостоять призракам. Учёные Аки Росс, её наставник Сид, Грей и остальные союзники должны объединить усилия, чтобы иметь хоть какой-то шанс восстановить мир на Земле. Однако, в это же время коварный генерал Хейн разрабатывает план, чтобы уничтожить инопланетян одним разрушительным ударом .. даже если придётся пожертвовать всей планетой..