(НиеР: Автомата - Версия 1.1а) Далекое будущее, 5012 год. Внезапное воздушное вторжение на Землю «Инопланетян» и их созданий «Машинных форм жизни» привело человечество на грань вымирания. Выжившее число людей укрываются на Луне, и организовывают контратаку с использованием солдат-андроидов, чтобы вернуть Землю. Однако, война заходит в тупик, поскольку Машинные формы жизни продолжают бесконечно размножаться. В свою очередь, человечество использует новое подразделение солдат-андроидов в качестве абсолютного оружия: . Недавно отправленный на Землю <2B> присоединяется к <9S>, аналитику, в настоящее время находящемуся там, где во время своей миссии они сталкиваются с множеством таинственных явлений ..